目前有机肥在生产上主要应用的生产工艺有两种，一种是平面条垛式堆肥工艺，一种是槽式好氧发酵工艺。此外，实验室小规模试制还有采用密封箱/罐式发酵。
1、平面条垛式堆肥工艺。
生产流程图：原料处理--加菌--混合--建跺--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂
优点：投资小、工艺相对简单 缺点：占地面积大、腐熟不彻底、二次污染严重。
2、槽式好氧发酵工艺。
生产流程图：原料处理--加菌--混合--入槽--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂
优点：腐熟彻底、产品质量高、二次污染小 缺点：设备投入大、投资大

两种堆肥是最常见的堆肥方法，都具有良好的效率，建议是两者结合起来，效果会更好。
生物有机肥根据作物的不同选择不同的施肥方法：
1.撒施法：、将生物有机肥均匀地施在根系集中分布的区域和经常保持湿润状态的土层中。
2.条状沟施法：条播作物或葡萄、猕猴桃等果树，开沟后施肥播种或在距离果树5厘米处开沟施肥。
3.环状沟施法：苹果、桃、柑橘等幼年果树，距树杆20~30厘米，绕树杆开一环状沟。
4.放射状沟施：按果树根系伸展情况向四周开4~5个50厘米长的沟，施肥后覆土。
5.穴施法：点播或移栽作物，如玉米、棉花、西红柿等，将肥料施入播种穴。

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