生物有机肥主要作用是其所添加的功能菌即有益微生物，这种肥料一方面是把土壤中现有的好的微生物让它长得更快，另外一方面把土壤中缺的这些好的微生物，想办法引进去，这里面所谓的好的微生物，就是指那些能够活化根际土壤养分和产生根系促生物质、降解有机污染物和转化无机污染物形态以及抵抗土壤中病原微生物入侵根系等有益微生物。这就是生物有机肥的主要作用。一句话，土壤中有益微生物缺乏，有害微生物就越多，作物根系和土壤就容易得病，抵抗力差，这就是增施生物有机肥的原因。

需要强调的是：微生物是活性的，使用生物有机肥要想达到理想效果，要保证“这些生物菌进入土壤之后能不能存活”，这其实和我们人类生存生长是一个概念，都是要吃饭的，而微生物也是需要吃东西才能生存，只有生存下来它们才能够繁殖！

那么微生物的粮食是什么呢？

答案是：有机质，微生物进入土壤的主要粮食就是有机质。

但，问题是目前我们的大多土壤中的缺的就是有机质，试想如果在土壤有机质极度匮乏的地块中使用生物有机肥，那么它的肥效就很难保障！

所以，使用菌肥首先要考虑补充土壤有机质，同样，有机肥和菌肥搭配使用效果好的说法，也是这么来的。

另外，考虑到生物有机肥主要成分为生物活性菌，我们在使用过程中还需注意以下问题。

1、微生物见杀菌剂就死亡，生物有机肥不能与杀菌剂混合使用。

2、微生物见紫外线就死亡，避免在中午紫外线强的时候使用，建议早上或者下午和阴天使用，使用后要立即覆土。

3、生物有机肥都是有保质期的，越接近保质期菌的活性越难保证，建议购买使用时要特别注意这一点。使用生产日期越近越好。

4、菌肥是一种活性菌，施用时埋于土壤中，不能撒施于地表。

5、开袋后的菌肥如果当天没有用完，一定要注意100%密封保存，以免活性菌挥发影响再次使用效果。

切记，微生物菌在土壤中赖以生存的条件是充足的有机质。